Secondo le agiografie, il 14 settembre 1224, due anni prima della morte, mentre si trovava a pregare sul monte della Verna (luogo su cui in futuro sorgerà l’omonimo santuario) e dopo 40 giorni di digiuno, San Francesco avrebbe visto un Serafino crocifisso. Al termine della visione gli sarebbero comparse le stigmate: «sulle mani e sui piedi presenta delle ferite e delle escrescenze carnose, che ricordano dei chiodi e dai quali sanguina spesso». Tali agiografie raccontano inoltre che sul fianco destro aveva una ferita, come quella di un colpo di lancia. Fino alla sua morte, comunque, Francesco cercò sempre di tenere nascoste queste sue ferite.
Negli anni seguenti Francesco fu sempre più oggetto di varie malattie (soffriva infatti di disturbi al fegato oltre che alla vista). Varie volte gli furono tentati degli interventi medici per lenirgli le sofferenze, ma inutilmente. Nel giugno 1226, mentre si trovava alle Celle di Cortona, dopo una notte molto tormentata dettò il “Testamento”, che volle fosse sempre legato alla “Regola”, in cui esortava l’ordine a non allontanarsi dallo spirito originario.
Nel 1226 si trovava alle sorgenti del Topino, presso Nocera Umbra; egli però chiese e ottenne di poter tornare a morire nel suo “luogo santo” preferito: la Porziuncola. Qui la morte lo colse la sera del 3 ottobre.
Il suo corpo, dopo aver attraversato Assisi ed essere stato portato perfino in San Damiano, per essere mostrato un’ultima volta a Chiara e alle sue consorelle, venne sepolto nella chiesa di San Giorgio. Da qui la sua salma venne trasferita nell’attuale basilica nel 1230 (quattro anni dopo la sua morte, due anni dopo la canonizzazione).
«Laudate et benedicite mi Signore,
et rengratiatelo et serviatelo cum grande humilitate.»
(Cantico delle creature)
Importante sapere come questi personaggi famosi volte sono stati uccisi a tradimento o consumati da quell’energia totale usata come ragion di vita nel perseguire l’amore..