Il 10 marzo 1989 a Roma, mentre stava giocando a tennis al circolo “Casetta Bianca” sulla via Cassia con un amico e sotto gli occhi della figlia, Maurizio Merli fu improvvisamente colto da un infarto: sia pur prontamente soccorso e trasportato all’Ospedale “Villa San Pietro”, vi giunse già privo di vita. Morì così, a 49 anni, proprio quando si stava prospettando la possibilità di tornare a recitare nuovamente nel ruolo del commissario di polizia. È sepolto nel Cimitero di Poggio Catino (Rieti), paese dove amava trascorrere le vacanze e il tempo libero con la famiglia.
Nel 1997, in occasione della messa in onda su Retequattro del film Roma violenta, il settimanale Tv Sorrisi e Canzoni erroneamente “risuscitò” Merli, attribuendogli 57 anni, ossia l’età che effettivamente avrebbe dovuto avere a quel momento.
