Il 26 gennaio 1880 Garibaldi sposò la piemontese Francesca Armosino, sua compagna da 14 anni e dalla quale ebbe tre figli. Nel 1882 fece il suo ultimo viaggio in occasione del sesto centenario dei Vespri: per tale ricorrenza partì il 18 gennaio, prima giunse a Napoli che lascerà il 24 marzo raggiungendo Palermo il 28 marzo; durante il tragitto nella città regnò il silenzio in segno di rispetto. Ritornerà a Caprera il 17 aprile. Poco dopo il ritorno la bronchite peggiorò, e per tre giorni Garibaldi venne alimentato artificialmente. Fu assistito dal medico di una nave da guerra ancorata nell’isola vicina di La Maddalena (La Cariddi) Alessandro Cappelletto e morì il 2 giugno 1882 alle 18.22, all’età di quasi 75 anni, per una paralisi della faringe che gli impedì di respirare. Nel testamento, una copia del quale è esposta nella casa-museo sull’isola di Caprera, Garibaldi chiedeva espressamente la cremazione delle proprie spoglie, desiderio disatteso. La salma giace a Caprera nel cosiddetto Compendio garibaldino, in un sepolcro chiuso da una massiccia pietra grezza di granito.
Le sue ultime parole, secondo quanto assicurato in seguito da Francesca Armosino, furono: «Muoio col dolore di non vedere redente Trento e Trieste». Garibaldi, massone e anticlericale convinto, deista ma non ateo inserì nel proprio testamento anche alcuni passaggi tesi a sventare eventuali tentativi di conversione alla religione cattolica negli ultimi attimi della vita:
Siccome negli ultimi momenti della creatura umana, il prete, profittando dello stato spossato in cui si trova il moribondo, e della confusione che sovente vi succede, s’inoltra, e mettendo in opera ogni turpe stratagemma, propaga coll’impostura in cui è maestro, che il defunto compì, pentendosi delle sue credenze passate, ai doveri di cattolico: in conseguenza io dichiaro, che trovandomi in piena ragione oggi, non voglio accettare, in nessun tempo, il ministero odioso, disprezzevole e scellerato d’un prete, che considero atroce nemico del genere umano e dell’Italia in particolare. E che solo in stato di pazzia o di ben crassa ignoranza, io credo possa un individuo raccomandarsi ad un discendente di Torquemada.