Nel 1897 Elisabetta trascorse il Natale a Parigi insieme alle sorelle Matilde e Maria Sofia, ex regina del regno delle Due Sicilie. Il Natale era una delle sue feste preferite e, almeno fino alla morte del figlio Rodolfo, festeggiò sempre con gioia e gran trasporto; con la tragedia di Mayerling, smise per sempre di festeggiare le festività natalizie.
Nel settembre 1898, l’imperatrice si recò in incognito a Ginevra prendendo alloggio all’Hotel Beau-Rivage, sul lungolago ginevrino, dove già aveva soggiornato l’anno precedente. Il 10 settembre, sempre vestita di nero dopo il suicidio del figlio Rodolfo, celava il viso dietro una veletta – un ventaglio o un ombrellino – ed era difficile da riconoscere. Doveva prendere il battello per Montreux alle ore 13:35 di quel giorno accompagnata dalla contessa Irma Sztáray, quando l’anarchico italiano Luigi Lucheni, informato sull’indirizzo dell’Imperatrice e sulle sue sembianze da Giuseppe della Clara, si appostò sul Quai du Mont-Blanc, dietro un ippocastano, armato della sua lima nascosta in un mazzo di fiori.
Al passaggio dell’imperatrice la pugnalò al petto, con un unico colpo preciso; tentò poi di fuggire lungo la Rue des Alpes, gettando l’arma del delitto dinnanzi l’ingresso del civico n. 3. Fu poco dopo arrestato da quattro passanti, non lontano dal luogo dell’attentato. Al commissario che lo interrogava chiedendogli il motivo del suo gesto, pare abbia risposto: «Perché sono anarchico. Perché sono povero. Perché amo gli operai e voglio la morte dei ricchi».
L’imperatrice, che correva verso il battello (la sirena della partenza aveva già suonato) si accasciò per effetto dell’urto, ma si rialzò e riprese la corsa, non sentendo apparentemente nessun dolore. Fu solo una volta arrivata sul battello che impallidì e svenne nelle braccia della contessa Sztáray. Il battello fece retromarcia e l’Imperatrice fu riportata nella sua camera d’albergo; spirò un’ora dopo, senza aver mai ripreso conoscenza. Aveva 60 anni.